Kunugigaoka Ortaokulu’nun en başarısız öğrencilerinin toplandığı 3-E sınıfı, diğer öğrenciler tarafından dışlanmış, öğretmenler tarafından ise gözden çıkarılmış bir gruptur. Ancak bir gün, sınıflarına oldukça sıra dışı bir öğretmen atanır. Ay’ın ’ini yok eden ve bir yıl içinde Dünya’yı da yok edeceğini duyuran Koro-sensei, Japon hükümetiyle yaptığı bir anlaşma sonucunda 3-E sınıfının öğretmeni olur. Üstelik, onlara yalnızca akademik dersler vermekle kalmaz, aynı zamanda kendisini öldürmeleri için suikast teknikleri de öğretir. Koro-sensei, sarı renkte, ahtapota benzeyen, inanılmaz hızda hareket edebilen ve normal silahlarla zarar görmeyen bir varlıktır. Devlet, onu öldürebilene büyük bir ödül vaat eder. Ancak 3-E sınıfı için bu görev, hem büyük bir sorumluluk hem de beklenmedik şekilde eğlenceli bir eğitim sürecine dönüşür. Öğrenciler, Nagisa Shiota’nın gözlem yeteneği, Karma Akabane’nin stratejik zekâsı ve diğer sınıf arkadaşlarının katkılarıyla Koro-sensei’yi alt etmeye çalışır. Fakat Koro-sensei, bir düşmandan çok iyi bir öğretmen gibi davranır. Onların akademik başarılarını artırmak, özgüvenlerini geliştirmek ve hayatlarına anlam katmak için elinden geleni yapar. Her öğrenciye özel ilgi göstererek, onları sadece daha iyi suikastçılar değil, aynı zamanda daha iyi bireyler hâline getirir. Ancak zaman daralmaktadır. Hükümetin suikast timleri ve Koro-sensei’nin geçmişinden gelen gölgeler, bu ölümcül sınıfın kaderini belirleyecektir.