Sugomori Şehri, yapay olarak inşa edilmiş modern bir Japon kentidir. Ancak yıllar geçtikçe nüfusu azalmış ve şehir neredeyse unutulmaya yüz tutmuştur. Bu sessiz ve monoton şehirde, Katsuhira Agata adında bir lise öğrencisi yaşamaktadır. Katsuhira, acı hissini kaybetmiş ve çevresine karşı duyarsız bir gençtir. Ancak bir gün, sınıf arkadaşı Noriko Sonosaki ona tuhaf bir gerçek açıklar: "Sen bir Kiznaiver olarak seçildin." Kiznaiver'ler, Kizuna Sistemi adı verilen deneysel bir teknolojiye bağlanan insanlardır. Bu sistem, bireyleri acı yoluyla birbirine bağlayarak dünya barışını sağlamayı amaçlamaktadır. Katsuhira artık kendisi gibi tamamen farklı kişiliklere sahip diğer sınıf arkadaşlarıyla fiziksel ve duygusal acıyı paylaşacaktır. Eğer içlerinden biri yaralanırsa, hissettiği acı diğerlerine eşit olarak bölüştürülür. Böylece aralarındaki bağ güçlenecek ve insanlar birbirlerini daha iyi anlamaya başlayacaktır. Ancak bu sistem tam olarak tamamlanmamıştır ve birçok bilinmeyen tehlike barındırmaktadır. Katsuhira ve arkadaşları, sadece fiziksel yaralanmalar değil, aynı zamanda derin psikolojik travmalar ve geçmişlerindeki sırlarla da yüzleşmek zorundadır. Kendi hislerinden bile kopmuş olan Katsuhira, bu bağlantı sayesinde insan ilişkilerini anlamaya çalışırken, aynı zamanda geçmişiyle ve kaybettiği duygularıyla yüzleşmek zorunda kalacaktır. Duygusal bağların ve insan doğasının keşfedildiği bu deneyde, gençler hem fiziksel hem de ruhsal olarak birbirlerine bağlanarak, aralarındaki sınırları aşmaya çalışacaklardır. Ancak, Kizuna Sistemi gerçekten dünya barışını getirebilir mi? Yoksa insanları birbirine bağlamak, onları daha da parçalanmaya mı sürükleyecek?